急性乙型肝炎一般不需要抗病毒治疗，慢性乙型肝炎如果病毒载量高或合并肝纤维化、肝硬化，就需进行抗病毒治疗，目前常用的抗病毒药物为干扰素和核苷（酸）类似物（NAs）。
乙肝抗病毒在核苷（酸）类似物未研发出来前，我们只有干扰素作为乙肝抗病毒药物，目前我国批准的干扰素治疗药物有聚乙二醇干扰素-α（Peg-IFN-α）和干扰素-α，而乙肝抗病毒常用的干扰素为Peg-IFN-α，它一般一周注射一次，根据治疗效果，疗程一般为半年或一年，它具有治疗时间短，可在治疗结束后停药的优点，其不良反应有流感样综合征、骨髓抑制、精神异常、自身免疫病等。
但干扰素应用有禁忌症，绝对禁忌症为妊娠或短期内有妊娠计划、精神病史（具有精神分裂症或严重抑郁症等病史）、未能控制的癫痫、失代偿期肝硬化、未控制的自身免疫病、严重感染、视网膜疾病、心力衰竭、慢性阻塞性肺病等基础疾病；相对禁忌症为甲状腺疾病，既往抑郁症史，未控制的糖尿病、高血压、心脏病。
核苷（酸）类似物（NAs）目前应用比较普遍，目前常用的有富马酸替诺福韦酯、恩替卡韦、阿德福韦酯、替比夫定、拉米夫定。其中目前首选富马酸替诺福韦酯、恩替卡韦抗病毒治疗，它们能强效抑制病毒复制，且耐药率低，其余几种药物长期服用后，耐药率较高，因此不作为首选，而对于妊娠或准备妊娠的女性首选富马酸替诺福韦酯，其次可选择替比夫定，其余药物均有导致胎儿畸形可能。服用此类药物均需定期复查血常规、肝肾功、电解质，监测乙肝病毒DNA定量（HBVDNA）及乙肝表面抗原定量。而且服用核苷（酸）类似物（NAs），需长期规律服药，虽然最新指南提出治疗一年如果HBVDNA定量低于检测下限、ALT正常和HBeAg血清学转换，再巩固治疗至少3年（每半年复查1次）仍保持不变，可考虑停药，但其认为延长疗程可减少复发，因此目前仍建议长期服药。